智慧局于100年8月12日针对开放植物专利议题召开公听会，虽然在场部份专家学者就国内产业开放植物专利咸有迭床架屋之疑虑，诸如：针对植物保护已有植物品种及种苗法保护，何须再制定专利法保护？但也有持肯定态度者，认为：专利权和品种权的范围虽有部分重迭，但重迭的部分不冲突，此时权利人可以自由选择对其最有利的权利或选择两种权利保护。至于开放植物专利对农民权益之影响，部份专家学者认为会造成专利垄断，农民谋生不易，因此农民留种自用不只形式保障，实质上也要能达到农民留种自用的目的。目前农民种稻不会自己培育种苗，都是向育苗中心买秧苗，再用机器插秧，法律不能强人所难，如果农民只能自己培育种苗，会让留种自用落空，可能使农民生活陷入困境。至于农民留种自用是否要扩大到育苗中心部分，因为这是台湾农业生产的特色，所以植物品种及种苗法特别放宽处理，未来台湾开放专利后，针对有些实际状况可能要作调整。又育苗场不能放入农民留种自用免责，其实在国际植物联盟(UPOV)规定农民留种自用不能扩大到育苗场，因为这样扩张的范围太大。诸如此类种种问题，事实上智慧局于 2011年6月9日就“开放植物专利”有详细政策说明，本所已于2011年7月发刊第32期电子报详载部份有关植物品种权与专利权之差别。兹再就部份相关讨论议题的政策说明胪列如下，用以进一步了解。
◎目前已有基因专利，基因改造植物亦可用品种权保护，为何还需要用专利权保护基因改造植物？
答：由于专利权与植物品种权之权利要件及保护范围有所不同，故同时提供专利权与植物品种权更能保护以及鼓励植物新品种的研发。举例而言，假设有一段X基因，其序列系为已知而其功能未知，即使日后得知其功能，亦无法再取得该X基因本身之关于物的专利，仅可能取得与该X基因相关之用途或方法专利，倘若发明人将该等功能未知而序列已知的X基因转殖入植物Y，发现其可使植物Y得到无法预期的有利效果如抗病毒性，由于该等经X基因转殖之植物Y符合新颖性与进步性等专利要件，在开放植物专利之后，发明人可取得经X基因转殖之植物Y之关于物的专利，相较于未开放植物专利之前仅能取得方法专利，而品种权亦仅能取得某一特定品种Y′的权利，而无法扩及上位概念之植物Y，植物专利权所能提供的保护范围较大，更能保障发明人应有的权利，因此更能鼓励发明人进行植物新品种的研发
◎开放植物专利后，种苗公司或农民目前使用中之品种是否会受到限制？
◎开放植物专利后，是否会阻碍种苗公司研发新品种？
答：不会。
(一)开放植物专利在于鼓励研发：开放植物专利之目的，在于保护与植物相关之研发成果以鼓励研发，种苗公司育成之新品种如符合新颖性、进步性和产业利用性之要件，也可以成为专利权人，而利用专利授权或移转等方式回收研发成本，并吸引研发人才及资金之投入，故种苗公司与专利权人的立场并不是对立的。
◎开放植物专利对于农民有那些影响？
答：
(一)目前已公开的植物品种，都可继续利用：植物专利开放后，凡于专利申请日之前已在国内外公开种植、上市贩卖或以其它方式公开之植物品种，因其已丧失新颖性，依法均不能取得发明专利，故农民目前已种植的植物品种，于专利法修正施行后仍得继续利用，不因开放植物专利而受到影响。
(二)增订农民留种自用免责规定：如果是专利法修正后受植物专利保护之品种，农民只要透过合法管道向植物专利权人购买种子或种苗，也不会有侵权的问题。又为保障农民权益，专利法修正草案第63条比照植物品种及种苗法的规定，增订植物繁殖材料专利权之效力，不及于农民为繁殖目的留种自用之行为，故农民因使用合法取得的种子所得到的收获物，可保留其中一部分在自己田地上供下一季种植使用，不必再次取得授权。
(三)农委会研议增加留种自用的植物种类：适用农民留种自用免责规定之植物种类，系由行政院农业委员会进行公告。目前公告的植物种类，只有水稻1项，配合开放植物专利，农粮署已于100年4月20日召开「研商植物品种及种苗法农民免责适用范围调整事宜」会议，研议将玉米、大豆、落花生、绿豆、红豆等禾谷类及豆类粮食作物列入适用对象。
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